Regista, sceneggiatore, produttore cinematografico e scrittore,  il cui vero nome è Giuseppe, nasce a Bologna il 3 novembre 1938. Cresce in una famiglia borghese, si laurea in scienze politiche e lavora per circa quattro anni presso una ditta di prodotti surgelati. Tra il 1959 e il 1962, spinto da una forte passione per la musica jazz, entra a far parte, come clarinettista, di un piccolo complesso musicale,  il “ Doctor Dixie Jazz Band” che  decide di abbandonare quando nel gruppo vi entra a far parte Lucio Dalla, in quanto, proprio grazie a quest’ultimo, Pupi comincia a comprendere quale e quanta sia la differenza tra passione e talento.

Grazie a questa presa di coscienza, comincia a cercare la sua strada, che diventerà quella cinematografica, già seguita, tra l’altro, dal fratello maggiore, Antonio, sceneggiatore e produttore. Inizia la sua carriera come regista  nel 1968, con due film horror grotteschi: "Thomas e gli indemoniati" e  "Balsamus, l'uomo di Satana" . Prima di dirigere, tra il 1975 ed il 1976, altri due lungometraggi, “ La mazurka del barone, della santa e del fico fiorone”, seguito  da  “La casa dalle finestre che ridono” (film quest’ultimo che mette molto bene in risalto la capacità del regista di creare, negli amanti del cinema horror, un ottimo livello di suspance),  partecipa , come sceneggiatore, al film di Pier Paolo Pasolini, "Salò o le 120 giornate di Sodoma". Il suo successivo lavoro, un musical di carattere demenziale intitolato “Bordella”, che tra i suoi interpreti vede anche un giovanissimo Christian De Sica, viene censurato dalla critica.

Per far dimenticare alla critica l’insuccesso del precedente “Bordella”, esce, sempre nello stesso anno, il 1977, un altro lavoro  dal titolo “Tutti defunti…tranne i morti”, che, ancora una volta, ottiene un tiepido consenso di pubblico e di critica. Nel 1978 Pupi  inizia una collaborazione con la televisione e produce, per la Rai, uno sceneggiato intitolato “Jazz Band”, che racconta la storia  della  Doctor Dixie Jazz Band, seguito  da “Cinema!!!”, “Dancing Paradise” e “Accade a Bologna”. La sua grande passione per la musica lo porta, nel 1979, a collaborare con i Pooh, e dirige uno special televisivo dal titolo “Viva”, che racconta la lavorazione, attimo per attimo,  del medesimo album musicale.

Nel 1980 scrive, affidandone la  regia a Lamberto Bava, “Macabro”. Nel 1983 dirige una commedia intitolata “Una gita scolastica”. Il  suo genere preferito, il thriller horror, lo esprime al meglio nel successivo “Zeder”.  Dopo “Impiegati” del 1984, ha inizio una lunga serie di importanti lavori: il  lungometraggio “Regalo di Natale” del 1986 ed il suo  seguito,  nel 2004, “La rivincita di Natale”; “Storia di ragazzi e ragazze” (1989); Bix  del 1991; “L’amico di infanzia” (1993): “L’Arcano incantatore” del 1996;” Il testimone dello sposo”, del 1997, “La via degli angeli” del 1999.

Nel 2003 con il film “Il cuore altrove”, lavora con Neri Marcoré e Vanessa Incontrada. E’ a partire dal 2005 che per Pupi Avati ha inizio un periodo molto fortunato: a cominciare dal film autobiografico “Ma quando arrivano le ragazze” del 2005;  “La seconda notte di nozze”, tra i cui protagonisti, Katia Ricciarelli, Antonio Albanese  e Neri Marcorè. Diego Abatantuono, Vanessa Incontrada, Ines Sastre, Violante Placido e Francesca Neri, saranno gli attori che, nel 2007, verranno diretti dal regista nel  film “La cena per farli conoscere”. Nel 2008, un magistrale Silvio Orlando, verrà diretto da Pupi Avati nel film “Il papà di Giovanna”. In questo stesso anno pubblica la sua autobiografia dal titolo “Sotto le stelle di un film” e vince il “XX°  Premio Internazionale Ascoli Piceno” per il film “Magnificat” del 1993. E’ del 2010, un altro suo importante lavoro intitolato “Il figlio più piccolo”. E’ del 2011 “Il cuore grande delle Ragazze”, presentato alla Festa del cinema di Roma, e, nel 2012, dirige “Un matrimonio”, una  fiction tra i cui protagonisti, Christian De Sica.

Molti i riconoscimenti che Pupi Avati ha ottenuto durante la sua lunga carriera e tra questi ricordiamo: il  Premio Nastro d’Argento nel 1984 per la Migliore Regia e come Miglior Film e Miglior Sceneggiatura nel 1989; il Premio Luchino Visconti alla carriera nel 1995 e il Premio De Sica nel 2001;  vincitore del riconoscimento di “International Filmaker Award“ al Palm Springs Film Festival nel 2005; Il David di Donatello ed il Nastro d’Argento nel 2009 per il film “Il papà di Giovanna”; Il David di Donatello come miglior  regia per il film  “Il cuore altrove”,  Il David di Donatello, nel 2004, per la miglio regia nel film “La rivincita di Natale”. Viene inoltre insignito: nel 1995 dell’Onorificenza di Commendatore  Ordine al Merito della Repubblica Italiana e,  nel 2005, ottiene la Medaglia d’oro ai Benemeriti della Cultura e dell’Arte. E’ presidente dell’ Associazione Federico Fellini.  Il 7 aprile 2011, presso l’auditorium dell'Accademia di Belle Arti di Macerata, riceve il premio   Svoboda al talento artistico e creativo.